Det är nog svårt att veta om man inte vet hur programmet skrivits i värmepumpen, om start/stopp styrs på exakt samma sätt av flödesvakten som av timerstyrningen så borde det inte ha någon betydelse kan jag tycka.
Men visst, om flödesvakten slutar fungera så gäller det ju att högtrycksvakten i värmepumpen fungerar, annars lär det bli haveri av något slag.
Möjligen (om det är en varvtalsstyrd värmepump) kan timern göra så att den startar/stannar mjukare om den styrs av timern än av en säkerhetsfunktion som flödesvakten, men som sagt, det vet nog bara den som programmerat pumpen i fabriken.